第二临床医学院的前身是温州医学院临床医学二系和儿科系。2000年，学校改系为学院；2002年，学校合并了第一临床学院、第二临床学院和基础学院，成立医学部；2005年，为进一步加强临床教学工作，促进临床教学管理工作的规范化建设，进一步完善临床医学及相关专业管理体制，成立第二临床医学院（含儿科临床医学院）。

学院以温州医学院附属第二医院、育英儿童医院、浙江省立育英医院为依托，采用“四个牌子，一套班子”的管理方式。设有临床医学、麻醉学、中医学、康复治疗学四个本科专业及后期分流的儿科方向班，其中临床医学专业是国家一类特色专业和浙江省重点专业，麻醉学专业是浙江省重点建设专业；拥有内科学、外科学、妇产科学、儿科学等19个硕士点和1个一级博士点、6个二级学科博士点；设有内科学、外科学、妇产科学、儿科学、麻醉危重病学、中医学、康复医学等21个教研室。

近三年来学院科研项目：国家级课题38项，省部级60项；科研成果：国家科技进步二等奖1项、省部级一等奖2项，三等奖6项；论文：共发表论文1871篇，其中：SCI期刊收录201篇，国家级系列702篇。主编、副主编、参编医学著作62部。拥有6项实用新型专利，5项发明专利。目前拥有正高职称教师130人、副高职称311人；具有硕士学位630人，博士学位48人；硕士生导师104名，其中博士生导师13名。

学院以“诚信、奉献、求精、创新”作为院训，以培养厚基础、宽口径、强技能、高素质的医学专门人才为己任，努力开拓，不断进取，为社会输送更多的、适应医学发展和社会需求的高层次医学人才。